2007年度国家科学技术奖励大会于2008年1月8号在北京人民大会堂隆重举行，党和国家领导人胡锦涛、温家宝为获奖者颁奖。药学院院长蒋华良教授领导的团队承担的项目“重要药理作用的靶标动力学行为与功能关系研究及其药物设计”获得2007年度国家自然科学奖二等奖。蒋华良代表研究团队参加了奖励大会。
         阐明疾病相关靶标蛋白质的动力学行为与药理功能之间的关系，并在此基础上进行药物设计，是近年来国际生物医药研究的前沿领域。在科技部、国家自然科学基金委、科学院和上海市科委基金项目的资助下，蒋华良领导的研究团队自1997年起，与国际同步开展基于高性能计算的重要药理作用生物大分子模拟和药物设计研究。在国产超级计算机上，发展了分子动力学模拟并行算法和多种药物设计新方法，利用团队理论计算和实验研究多学科交叉的优势，开展药物靶标蛋白构象变化与功能关系研究，并在此基础上进行药物设计，取得了比较系统和有创新性的成果。该项目研究了β-淀粉样肽等多种重要生物大分子的动力学行为与功能的关系，并进行药物设计。发现了Aβ从α螺旋到随机结构的变化过程及其关键中间态，发现了引起Aβ聚集的4个关键氨基酸残基；获得了合理的钾通道/蝎毒复合物的三维结构模型，发现活性比工具药四乙基铵高1000倍的钾离子通道天然产物抑制剂；研究了SARS病毒蛋白质的动力学行为，发现N-端缺失的蛋白质水解酶依然能形成二聚体，发现肉桂硫胺等具有较强的抗SARS作用；针对30余个重要靶标进行药物设计，发现活性化合物1000余个。用药物设计方法获得活性强于微摩尔级化合物的成功率最高达31.25%(文献报道的最好水平为5.6%)；发展了新的药物设计和靶标发现理论预测方法。研究结果在PNAS、JACS、JBC、JMB等发表SCI论文104篇，总影响因子达288，被他人引用844次。研究结果促进了计算生物学和药物设计方法在药物作用机理和药物发现中的应用。