药学是建立在化学和生物学基础上的进行药物研究的一级学科，包括药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学等六个二级学科。我校药学学科历史悠久，始于1952年建校时的“化学制药工学”，1986年获得药物化学硕士学位授予权，2004年药学院成立以后，本学科获得了快速发展，现拥有药学一级学科博士学位授予权，并建有博士后流动站。本学科师资力量雄厚，拥有中国工程院院士1名、国家杰出青年科学基金获得者3名、教育部新世纪优秀人才5名、上海高校特聘教授2名，博士生导师25名、硕士生导师45名。本学科在创新药物研究领域特色鲜明，并在国内外具有较强的影响力，尤其是基于结构药物设计方向位居国际前列，药物化学生物学和药物化学方向具有国际声望。本学科拥有先进的教学和科研设施，承担了国家自然科学基金、973计划、863计划、新药创制科技重大专项等众多国家和省部级科研项目，并取得了以国家科技进步二等奖为代表的多项科研成果。本学科2009年在教育部学科评估中排名全国第10，2011年获批设立上海市新药设计重点实验室，2012年入选上海高校一流学科。