华东理工大学药学院成立于2004年10月,由华东理工大学与中国科学院上海药物研究所合作共建。国家食品药品监督管理局原副局长任德权教授任名誉院长,国家973首席科学家、中国科学院上海药物研究所研究员蒋华良博士任首任院长。
药学院下设药物科学系(2006年6月成立)、制药工程系(2006年3月由原化学与制药学院转入)、药学实验教学中心(2006年12月成立)、上海市化学生物学重点实验室(2005年1月由原化学与制药学院转入)、中药现代化工程中心(2005年2月成立)、制药工程与过程化学教育部工程研究中心(2007年1月成立)以及GMP研究中心