华东理工大学药学院成立于2004年10月，由华东理工大学与中国科学院上海药物研究所合作共建。国家食品药品监督管理局原副局长任德权教授任名誉院长，国家973首席科学家、中国科学院上海药物研究所副所长蒋华良研究员任院长。

学院下设药物科学系、制药工程系、上海市化学生物学重点实验室、上海市新药设计重点实验室、制药工程与过程化学教育部工程研究中心、中药现代化工程中心、GMP研究中心以及药学实验教学中心等部门，研究内容涵盖了化学药、中药、农药和制药工程四个领域。