唐 赟
发布人: 发布时间: 2016-03-21 作者: 访问次数: 26109

 

 

唐赟  博士、教授、博士生导师

 

    男,湖南衡阳人,19687月生。19917月毕业于同济大学化学系,获理学学士学位;19967月毕业于中国科学院上海药物研究所,获理学博士学位。199610月至20003月在瑞典卡罗林医学院(Karolinska Institute)进行博士后研究,20003月至20022月在美国国家卫生研究院(NIH)癌症研究所(NCI)进行访问研究,20023月起进入加拿大的生物制药公司工作,先后在GlycoDesign Inc.MDS Proteomics Inc.任职研究员。20045月回国,任复旦大学药学院教授。20049月起应邀进入华东理工大学工作,参与药学院创建及学科建设。2005年入选上海市首批“浦江人才计划”,2008年入选教育部“新世纪优秀人才支持计划”。2006-2015年曾任药学院副院长,现任药学院教授、博士生导师。主要学术兼职有:上海市学位委员会学科评议组成员(药学学科),中国化学会计算机化学专业委员会委员,上海市药学会药物化学专业委员会委员,上海市新药设计重点实验室学术委员会委员,《华东理工大学学报(自然科学版)》编辑委员会委员,中国毒理学会会员、美国化学会会员,J. Chem. Inf. Model. Editorial Advisory Board Member (Jan. 2016 - Dec. 2017) 

    研究专长为计算机辅助药物设计、化学信息学、计算毒理学、计算生物学等,目前承担着国家自然科学基金等科研项目,已在J. Med. Chem., Briefings in Bioinformatics, PLoS Comput. Biol., J. Chem. Inf. Model., Mol. BioSystems等国内外专业期刊发表SCI论文120余篇,申请中国发明专利9项(其中授权3项,公开6项),获得计算机软件著作权2项。

    主讲本科生课程《药物设计学》、《药物化学II》,硕士生课程《计算机辅助药物设计》、《药学导论》,博士生课程《创新药物研究进展》(前沿讲座)、《专业文献综述与讲座》等。主编本科教材《药学专业实验教程》(十一五国家重点图书,普通高等教育制药类专业规划教材,华东理工大学出版社,20107月出版),主译学术专著《药物分子设计-从入门到精通》(当代化学译丛,华东理工大学出版社,20123月出版);参编十一五国家级规划教材、复旦大学叶德泳教授主编的《药物设计学》(第三版,高等教育出版社,20158月出版);参译学术专著《实用药物化学》(The Practice of Medicinal Chemistry, 3rd Edition. 科学出版社,20124月出版)。已指导本科毕业生32名,硕士毕业生19名,博士毕业生7名,博士后出站4

    曾获得1997年中国科学院自然科学二等奖(第六完成人)。20071月获得“天鼎-东岳”研究生奖教金一等奖;20085月获得华东理工大学育英奖20088月获得华东理工大学教育教学成果三等奖(第一完成人);20099月获得上海市育才奖;201010月,经全校研究生投票推选,获得华东理工大学第二届“我心目中的良师益友”奖;201011月获得宝钢优秀教师奖;20111月获得校优秀研究生指导教师称号;20131月获得校优秀研究生指导教师称号;20131月作为第一完成人获得校教育教学成果奖一等奖、二等奖各一项;20141月获得上海市教学成果一等奖(第四完成人);20156再次获得校优秀研究生指导教师称号。

   

主要研究方向

    1)计算机辅助药物设计:这是目前国际上十分活跃的研究领域,它以计算机为工具,充分利用已知的生物大分子靶标和/或药物分子结构活性知识,通过分子模拟、虚拟筛选、理论计算和预测等现代计算化学技术,来指导和辅助新型药物分子的发现和设计。目前已有许多计算机辅助设计的成功例证,并在创新药物研究中显示了强大的优势,大大加快了药物发现的进程。实验室目前与学院内外多个教授合作,综合利用虚拟筛选、三维定量构效关系分析、药效团模建以及虚拟组合库设计等多种药物设计手段,主要针对肿瘤、神经系统疾病、代谢性疾病、感染性疾病等靶标进行先导化合物发现、设计和优化研究。

   2)药物信息学和计算毒理学:一方面,主要基于系统生物学和化学基因组学等技术,开发网络药理学研究新方法,如基于网络的推理算法预测药物-靶标相互作用网络,可用于新药和新靶标发现,也用于老药新用研究;另一方面,主要采用化学信息学技术,比如子结构模式识别、信息增益、组合分类器等,对药物代谢动力学性质及药物安全性等进行预测研究;同时,利用所开发的方法和技术,进行化合物的生态环境风险评估、计算环境毒理学等研究。

    3)计算生物学:生物大分子之间的相互作用,如蛋白质-蛋白质、蛋白质-核酸、蛋白质-多糖之间的相互作用是生命活动的基础,同时也是药物设计研究的基础。这些相互作用不是静止不变的而是动态变化的,但目前的实验条件除了测定相互作用体的复合物之外,还难以在分子水平上研究这些动态相互作用的各个方面。而计算机模拟研究则可在虚拟现实的情况下,基于实验测定的复合物结构,在分子水平上对这些相互作用从动力学和热力学角度进行定性和定量的分析研究,是对实验研究的重要补充和完善。实验室目前主要采用分子动力学模拟和结合自由能计算方法对蛋白-蛋白、蛋白-核酸、蛋白-小分子等相互作用体系进行深入研究,阐明其相互作用机理,进而开发可以调节其生理功能的活性小分子。

 

分子模拟与设计实验室简介 (实验室主页:http://lmmd.ecust.edu.cn/

 

本研究领域常用网络资源 

 

本研究领域常用专业期刊 

 

 热烈欢迎具有较好计算机技能和数理基础、有志于从事计算机辅助药物设计研究的同学报考本实验室的硕士、博士研究生(包括推荐免试生),或者联系进行博士后研究!

  

代表性论著:

1、Wu ZR, Cheng FX*, Li J, Li WH, Liu GX, Tang Y*. SDTNBI: an integrated network and chemoinformatics tool for systematic prediction of drug-target interactions and drug repositioning. Briefings in Bioinformatics, 2016; 17: in press. DOI: 10.1093/bib/bbw012

2、Cheng JX, Sun XQ, Li WH, Liu GX, Tu YQ*, Tang Y*. Molecular switches of the kappa opioid receptor triggered by 6'-GNTI and 5'-GNTI. Scientific Reports, 2016; 6: 18913.

3、Sun L, Zhang C, Chen YJ, Zhuang SL, Li WH, Lee PW, Tang Y*. In silico prediction of chemical aquatic toxicity with chemical category approaches and structural alerts. Toxicology Research, 2015; 4: 452-463.

4、Lu WQ, Cheng FX, Jiang J, Zhang C, Deng XK, Xu ZY, Zou SE*, Shen X, Tang Y*, Huang J*. FXR antagonism of NSAIDs contributes to drug-induced liver injury identified by systems pharmacology approach. Scientific Reports, 2015; 5: 08114.

5、Li J, Wu ZR, Cheng FX*, Li WH, Liu GX, Tang Y*. Computational prediction of miRNA networks incorporating environmental toxicity and disease etiology. Scientific Reports, 2014; 4: 05576.

6、Li X, Chen L, Cheng FX, Wu ZR, Bian HP, Xu CY, Li WH, Liu GX, Shen X, Tang Y*. In silico prediction of chemical acute oral toxicity using multi-classification methods. J. Chem. Inf. Model., 2014; 54(4): 1061-1069.

7、Cheng FX, Li WH, Zhou YD, Li J, Shen J, Lee PW, Tang Y*. Prediction of human genes and diseases targeted by xenobiotics using predictive toxicogenomics-derived models (PTDMs). Mol. BioSystems, 2013; 9(6): 1316-1325.

8、Cheng FX, Li WH, Wu ZR, Wang XC, Zhang C, Li J, Liu GX, Tang Y*. Prediction of polypharmacological profiles of drugs by the integration of chemical, side effects and therapeutic space. J. Chem. Inf. Model., 2013; 53(4): 753-762.

9、Cheng FX, Li WH, Wang XC, Zhou YD, Wu ZR, Shen J, Tang Y*. Adverse drug events: database construction and in silico prediction. J. Chem. Inf. Model., 2013; 53(4): 744-752.

10、Hu GP, Li X, Zhang X, Li YZ, Ma L, Yang LM, Liu GX, Li WH, Huang J*, Shen X, Hu LH*, Zheng YT*, Tang Y*. Discovery of inhibitors to block interactions of HIV-1 integrase with human LEDGF/p75 via structure-based virtual screening and bioassays. J. Med. Chem., 2012; 55(22): 10108-10117.

11、Cheng FX, Zhou YD, Li WH, Shen J, Wu ZR, Liu GX, Lee PW, Tang Y*. admetSAR: a comprehensive source and free tool for assessment of chemical ADMET properties. J. Chem. Inf. Model., 2012; 52(11): 3099-3105.

12、Cheng FX, Liu C, Jiang J, Lu WQ, Li WH, Liu GX, Zhou WX*, Huang J*, Tang Y*. Prediction of drug-target interactions and drug repositioning via network-based inference. PLoS Comput. Biol., 2012; 8(5): e1002503.

13、Cheng FX, Yu Y, Zhou YD, Shen ZH, Xiao W, Liu GX, Li WH*, Lee PW, Tang Y*. Insights into molecular basis of cytochrome P450 inhibitory promiscuity of compounds. J. Chem. Inf. Model., 2011; 51(10): 2482-2495.

14、Cheng FX, Yu Y, Shen J, Yang L, Li WH*, Liu GX, Lee PW, Tang Y*. Classification of cytochrome P450 inhibitors and non-inhibitors using combined classifiers. J. Chem. Inf. Model. 2011; 51(5): 996-1011.

15、Shen J, Tan CF, Zhang YY, Li X, Li WH, Huang J*, Shen X, Tang Y*. Discovery of potent ligands for estrogen receptor β by structure-based virtual screening. J. Med. Chem., 2010; 53(14): 5361-5365. 

16、Shen J, Chen FX, Xu Y, Li WH*, Tang Y*. Estimation of ADME properties with substructure pattern recognition. J. Chem. Inf. Model. 2010; 50(6): 1034-1041.

17、Shen J, Li WH, Liu GX, Tang Y*, Jiang HL. Computational insights into the mechanism of ligand unbinding and selectivity of estrogen receptors. J. Phys. Chem. B 2009; 113(30): 10436-10444.

18、Li WH, Ode H, Hoshino T*, Liu H, Tang Y*, Jiang HL. Reduced catalytic activity of P450 2A6 mutants with coumarin: a computational investigation. J. Chem. Theory Comput. 2009; 5(5): 1411-1420.

19、Du L, Zhao YX, Chen J, Yang LM, Zheng YT, Tang Y*, Shen X*, Jiang HL. D77, one benzoic acid derivative, functions as a novel anti-HIV-1 inhibitor targeting the interaction between integrase and cellular LEDGF/p75. Biochem. Biophys. Res. Comm., 2008; 375(1): 139-144.

20、Zeng J, Li WH, Zhao YX, Liu GX*, Tang Y*, Jiang HL. Insights into ligand selectivity in estrogen receptor isoforms: molecular dynamics simulations and binding free energy calculations. J. Phys. Chem. B 2008; 112(9): 2719-2726.

  

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