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学院拥有2个上海市重点实验室和1个教育部工程中心，分别是上海市化学生物学重点实验室、上海市新药设计重点实验室和制药工程与过程化学教育部工程研究中心。研究内容涵盖了化学药物、基因药物、农药和制药工程四个领域。药学院结合药物研发的交叉学科特点，以信息及系统生物学手段指导新药研究，发展从基因组到药物的研究方法和新药及靶标发现的关键技术，强调药物发现的源头创新。学院成立以来，在新药创制的相关研究领域工作中取得了一系列成果，不仅在Nature子刊、Cell子刊、PNAS、J. Am. Chem. Soc.、Angew. Chem. Int. Ed..等国际顶级刊物发表研究论文近20篇论文，而且在药物化学领域顶级期刊——美国《药物化学》杂志上发表的研究论文数量也领先于国内其他高等院校。此外，按论文发表数量衡量，在国际Top10研究机构中，在“基于结构的药物设计”领域中与美国普渡大学并列第三。

一、上海市化学生物学（芳香杂环）重点实验室

（Shanghai Key Laboratoryof Chemical Biology (Aromatic Heterocyclic)）

2001年设立，前身为华东理工大学药物化工研究所。

主要研究方向：

　　色素衍生的恶性肿瘤等重大疾病检测和治疗

　　荧光传感的化学生物学

　　昆虫控制的化学生物学

　　活性分子构建的方法学

实验室网址: http://ipp.ecust.edu.cn/

二、上海市新药设计重点实验室

Shanghai Key Laboratory of New Drug Design

2011年11月获批筹建，2013年10月顺利通过验收。